בניגוד לבדיקת משטרת ישראל גם את החשד לפיו בן ה-16 נרצח על רקע פלילי ולא לאומני, שוללים בני משפחתו טענה זו מכול וכול וטוענים כי עדי ראיה וסרטוני הווידיאו שנמסרו למשטרה מעידים כי החוטפים הנם יהודים. נתניהו הורה לאהרונוביץ' לעשות כל מאמץ ו"לחקור מי עומד מאחורי הרצח הנתעב ומה הרקע למעשה"
עבאס לנתניהו: "גנה את הרצח"
יו"ר הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס (אבו מאזן) התייחס היום (רביעי) לרצח הנער הערבי שנחטף מבית חנינא וגופתו נמצאה הבוקר חרוכה ביער ירושלים,ואמר כי על ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו לגנות
בתוקף את מעשה הרצח. "על נתניהו לגנות את הרצח באותה מידה שגינה את רצח שלושת הנערים הישראלים". מצוטט הנשיא הפלסטיני בwaffa- אתרה הרשמי של הרשות. עוד נמסר כי עבאס תבע מישראל לשפות את משפחת הנרצח ולפעול למניעת מעשי נקם בפלסטינים בעקבות רצח הנערים. דוברו של אבו מאזן, נביל רדיאן, הטיל למעשה את האחריות לרצח על ישראל ואמר כי "ישראל אחראית לרצח ועליה למצות את הדין עם האשמים במעשה". כזכור תבע נתניהו מאבו מאזן לגנות בחריפות את חטיפתם ורציחתם של השלושה, גיל-עד שער, נפתלי פרנקל ואיל יפרח, ודרש ממנו לשתף פעולה על מנת לחשוף את מקום הימצאם של הנערים ומקום מסתור המרצחים. בכיר בפת"ח – דימטרי דליאני אמר היום כי "ממשלת הכיבוש הישראלית, בראשות בנימין נתניהו, נושאת את האחריות לטרור היהודי שנוקטים המתנחלים בתמיכה ברורה מהממשלה, בייחוד לנוכח חטיפת הנער הפלסטיני ורציחתו הבוקר בירושלים". דליאני ציין כי "ירושלים עדה לקיצוניות שמנהיגים כוחות הביטחון של ישראל".
תוך כך שוחח היום לפני הצהריים ראש הממשלה בנימין נתניהו עם השר לביטחון הפנים יצחק אהרונוביץ'. רה"מ נתניהו ביקש מאהרונוביץ' שגורמי החקירה יפעלו במהירות האפשרית לחקור מי עומד מאחורי הרצח הנתעב ומה הרקע למעשה. בהודעה שנמסרה ממשרדו קורא ראש הממשלה נתניהו לכל הצדדים "לא ליטול את החוק לידיים – ישראל היא מדינת חוק וכולם מצווים לפעול על פי החוק", לשון ההודעה. קודם לכך אמר מפקד מחוז ירושלים, ניצב יוסי פריינטי כי בידי המשטרה "יש כמה כיוונים. אני מבקש מכולם לא לקבוע מסקנות. אנו מבינים שיש כל מיני השערות, אך אנו לא ממהרים לקבוע את זה. אנו עובדים יחד עם שירותי הביטחון האחרים ואני מציע להמתין לתוצאות החקירה". מחקירה ראשונית שערכה המשטרה הבוקר התחזק החשד לפיו הרצח בוצע לא על רקע לאומני אלא על רקע פלילי. עם זאת טוענים במשפחת הנרצח כי אין להם ספק כי הרצח בוצע בידי יהודים. לדברי המשפחה עדי ראייה ראו את הנער נחטף וניסו לדלוק אחריו אך ללא הועיל. לטענתם יש בידי המשטרה סרטון ווידאו שנילקח ככול הנראה מהמסגד הסמוך למקום הימצאו ובו נראית החטיפה בבירור רק שלא ניתן לקבוע על פי הסרטון אם החטפים הם יהודים או פלסטינים. שר הביטחון יצחק אהרונוביץ' התייחסת לנושא בתדרוך שנערך בצהריים במטה הארצי של המשטרה בירושלים, ואמר כי "הכול נבחן כרגע. יש הרבה אפשרויות, יש גם אפשרות פלילית וגם לאומנית, והכול נבחן בצורה אחראית", אמר השר.
מוקדם יותר דווח למשטרת מחוז ש"י על כתובת "תג מחיר נקמת היהודים", ושריפת מחסן מזון לצאן בכפר עקרבא שליד שכם. הדיווח הועבר על ידי הפלסטינים למפקדת התיאום במנהל האזרחי וניידות של משטרת מחוז ש"י יצאו למקום. דובר משטרת מחוז ש"י רפ"ק שי דוד מסר כי חקירת המשטרה הווטלה על מפלג הפשיעה הלאומנית במחוז.
תוך כך דווח למשטרת ש"י על אנדרטת הנמצאת במועצה המקומית קדומים שבשומרון אשר הוקמה לזכרו של עידו (עידודי) זולדן בן ה-29 שנרצח בנובמבר 2007. אלמונים הציתו הבוקר אש למרגלות האנדרטה וגרמו לפיוחה ושריפתה. משטרת ש"י פתחה בחקירה.
במקביל לכול אלה ממשיך צה"ל בסריקות ומרדף אחרי מבצעי הרצח של שלושת הנערים וכנגד החמאס. צה"ל עצר הלילה 42 פלסטינים כש-40 מהם מוכרים כפפעילי חמאס. אחד מהם, כך נודע, ממשוחררי עסקת שליט. צה"ל ומשטרת ישראל פרשו כוחות גם מחשש להפרות סדר שעלולות להגיע כתוצאה מהריסת בית המחבל שרצח הליל הסדר את נצ"מ ברוך מזרחי, היום לפנות בוקר. במערכת הביטחון חוששים ממעשי נקם שיגיעו מצד יהודים ומעשי נקם בתגובה מהצד הפלסטיני שיבעירו את כול השטח.